Al comprobar por medio ecográfico el tamaño y número de folículos disponibles, se programa la aspiración folicular alrededor de 36 horas tras la administración de hCG que induce la maduración final y la ovulación. La aspiración se realiza en quirófano, mediante una aguja acoplada a un transductor ecográfico y a un sistema de vacío que va aspirando los folículos ováricos. Este procedimiento se realiza bajo sedación con el fin de que la paciente no sienta ningún tipo de molestia durante el procedimiento, cuya duración varía entre 15-45 minutos, dependiendo de cada caso.